봉원사(奉元寺)는 신라 진성여왕 3년(889) 도선국사가 현 연세대 터에 창건하고, 반야사라 하였다. 이후 이후 조선의 태조 이성계는 한산군이 이색에게 명하여 태고국사의 비문을 짓게 하고, 스스로 국사의 문도임을 자처하여 봉원사에 그 이름이 기록되어 있다. 태조 5년(1396)에는 원각사서 삼존불을 조성하여 봉원사에 봉안하였고, 태조 사후에는 전각을 세워 태조의 어진을 봉안하였다. 선조 25년(1592) 임진왜란 당시 전각이 소진되었으며, 효중 2년(1651)에 지인대사가 중창하였으나 동·서 요사채가 다시 소실되어 극령스님과 휴엄스님에 의해 중건되었다. 영조 24년(1748) 찬즙스님과 중암스님에 의해 지금의 터전으로 이전하였고, 영조는 친필로 봉원사라 현액 하였다. 신도들 사이에는 이때부터 새로 지은 절이라 하여 ‘새절’이라 부르게 되었다. 정조 12년(1788)에는 전국의 승려의 풍기를 바로잡기 위한 8도승풍규정소가 설치되었으며, 철종 6년(1856)에는 대웅전이 중건되었다. 고종 31년(1894) 주지 성곡스님이 약사전을 건립하였으나 소실되었다. 1950년 9월 28일 서울 수복 당시 병화로 광복기념관이 소진되었고, 이때 영조의 친필 현판 등 사보와 이동인 스님 및 개화파 인사들의 유물이 함께 소실되었다. 1966년 주지 영월스님과 대중의 원력으로 소실된 염불당을 중건하였는데, 이 건물은 대원군의 별처였던 아소정을 헐어 옮긴 것이다. 1991년 주지 김성월 스님과 사부대중의 원력으로 삼천불전 건립도중 대웅전이 소진됨에 즉시 중건을 시작하여 1994년 주지 혜경스님과 사부대중의 원력으로 대웅전을 복원 낙성하였고, 같은 해 1,100평 규모의 삼천불전을 새로 건립하였다. 2011년 전통사찰로 등록되었으며, 2014년 7월에 아미타괘불도와 범종이 서울특별시 유형문화유산으로 등록되었다. 현재 봉원사는 한국불교의 전통 종단인 태고종의 총본산으로서 전법수행의 맥을 이어가고 있다. 영산재보존회에서 단청과 범패분야의 후학을 지도하고 있다. 교육기관으로는 옥천범음대학, 불교교양대학이 있고, 신행 단체로는 관음회, 화엄법회, 청년회, 학생회, 인경회, 거사림 등 법회가 개최 되고 있다. 대외적으로도 교도소, 소년원, 양로원, 고아원, 군부대 등을 정기적으로 방문하여 교화활동을 펼치고 있어 태고종 총본산으 로서 그 소임을 다하고 있다.